针对“司法调查查什么”的直接回复，可依据《中华人民共和国刑事诉讼法》和《中华人民共和国人民调解法》的相关规定进行分析。
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十条（最新版），“可以用于证明案件事实的材料，都是证据”，且明确列举了物证、书证、证人证言等八类证据，这说明司法调查的核心是收集能证明案件事实的各类证据，与直接回复中“调查案件事实和证据”的结论一致。同时，《中华人民共和国人民调解法》第二十一条（2010年）规定人民调解员调解纠纷需明法析理、就地进行，而司法所的调查作为调解的前置环节，需收集当事人陈述、书证等证据以查明事实，进一步支撑了司法调查围绕事实与证据展开的结论。
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司法调查的处理可能受一些特殊情况或例外情形影响，以下为您分析说明。
1. 涉及国家秘密或个人隐私的案件：此类案件的司法调查需特别注意保密，调查范围和方式会受到限制。例如涉及国家秘密的案件，调查人员需采取保密措施，相关证据的查阅、复制需经严格审批，这会延长调查周期，且当事人获取调查信息的渠道也会受限；
2. 当事人不配合调查：若当事人拒绝提供证据、不如实陈述，会影响调查进度和结果。例如在司法所调解前的调查中，一方当事人拒不提交合同原件，司法所可能因事实无法核实，无法顺利开展调解工作，进而影响纠纷的解决效率；
3. 调查中发现新的犯罪线索：刑事诉讼的司法调查若发现新的犯罪线索，会扩大调查范围，原案件的审理可能暂停，优先调查新线索涉及的犯罪行为，导致原案件处理时间延长。
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关于“司法调查查什么”，最直接的答案是司法调查主要围绕案件事实与证据展开，为案件审理或纠纷处理提供依据。
司法调查主要调查案件的事实和证据。

1. 若存在刑事诉讼案件，司法调查会重点收集物证、书证、证人证言、犯罪嫌疑人供述等证据，以查明犯罪事实是否存在、行为人是否实施犯罪及犯罪情节轻重；
2. 若涉及民事纠纷的司法调查（如司法所调解前的调查），会核实当事人陈述、争议焦点相关的书证（如合同、借条）、物证等，明确纠纷的事实细节；
3. 若调查过程中发现新的关联线索（如刑事案中发现其他犯罪行为），司法调查范围会随之扩大，补充收集相关证据。
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司法调查过程中可能存在一些法律风险点，以下为您举例说明。
1. 证据链风险：关键证据缺失可能导致案件无法认定。例如在民事借贷纠纷的司法调查中，若当事人仅能提供口头陈述，无法提交借条、转账记录等关键证据，司法机关可能因证据不足无法支持其还款主张；
2. 程序违法导致证据无效的风险：若司法调查未依法进行，收集的证据可能不被采信。例如刑事诉讼中，侦查人员未取得搜查令擅自搜查当事人住所获取的物证，可能因程序违法被排除，影响案件的定罪量刑。

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